Jochen Wehner a absolvit studiul de dirijor la Halle şi Dresda şi a obţinut în acelaşi timp diplome de absolvire la materiile clarinet, violoncel şi compoziţie. După ce a lucrat mulţi ani ca şi Kapellmeister în Magdeburg, Brandenburg şi Stendal a fost desemnat director general al Teatrului de Stat Schwerin din Mecklenburg. În 1974 a obţinut un contract de predare pentru dirijor şi citire de partitură la Facultatea de Muzică şi Teatru "Felix Mendelssohn Bartholdy" din Leipzig.   

Din 1994 Jochen Wehner e director cultural al Orchestrei de Percuţie din Leipzig şi al Academiei de Percuţie din Sachsen. O mulţime de contracte de vizită îl leagă şi de Filarmonia Naţională Vilnius din Lituania şi de Filarmonia Enescu din Bucureşti.

În Cluj Jochen Wehner a dirijat în cadrul festivalului „Toamna Muzicală Clujeană“ Simfonia a 5-a în B-dur de Anton Bruckner. A cântat orchestra simfonică a Filarmonicii de Stat „Transilvania“ .