Jochen Wehner absolvierte sein Dirigentenstudium in Halle und Dresden und erwarb gleichzeitig Abschlüsse in den Fächern Klarinette, Violoncello und Komposition. Nach langen Jahren als Kapellmeister in Magdeburg, Brandenburg und Stendal wurde er als Generalmusikdirektor an das Mecklenburgische Staatstheater Schwerin verpflichtet. Seit 1974 hat er an der Hochschule für Musik und Theater "Felix Mendelssohn Bartholdy" in Leipzig einen Lehrauftrag für Dirigieren und Partiturspiel.

Seit 1994 ist Jochen Wehner Künstlerischer Leiter des Rundfunk-Blasorchesters Leipzig und der Bläserakademie Sachsen. Ständige Gastverträge verbinden ihn auch mit der Litauischen Nationalphilharmonie Vilnius und der Enescu-Philharmonie Bukarest.

In Klausenburg dirigierte Jochen Wehner im Rahmen der Konzertreihe „Toamna Muzicală Clujeană“ die 5. Symphonie in B-Dur von Anton Bruckner. Es spielte das Symphonieorchester der Staatsphilharmonie „Transilvania“.